Aunque la construcción original se atribuye a la orden de los Antoninos en 1560, ya para 1575 pertenecía a la orden de los Franciscanos.  La edificación mide 2,145mt2 y posee fuertes muros de adobe.  A diferencia de las anteriores no posee decoración en su fachada, aunque si posee unos nichos con las imágenes de San Antonio y San Francisco en la fachada lateral.

En su interior alberga una interesante colección de imágenes y siete retablos de estilo barroco.  Posee además una sola torre en la que se observa una campana fundida en Alcalá de Henáres en 1460.  Se sabe que de esta Iglesia y su convento dependían los restantes conventos que la orden Franciscana poseía en Honduras.

Ubicación: Barrio Abajo 1ra avenida, entre 6 y 7 calle noreste, contiguo a la Plaza San Francisco.