Esta Iglesia data de 1581, mide apenas 619mt2 y es la única que se encuentra alejada del centro de la ciudad.  Según leyendas populares ello se debe a que las mulas que traían la imagen de San Sebastián desde Santiago de Guatemala, subieron a dicha loma y no hubo manera de moverlas por lo que los Mercedarios interpretaron que ese era el lugar que deseaba el Santo para que le construyeran su templo.

Fue en el siglo XVII que se agregaron las dos torres de campanario.  En el piso de la iglesia se encuentran las lápidas de un obispo y del ex-presidente José Trinidad Cabañas.

Es el escenario donde se celebra la “Baile de los Diablitos” que marca el inicio de la cuaresma en Comayagua. Aunque ha sufrido varias modificaciones a lo largo de los años, la Iglesia se encuentra en muy buen estado gracias a las restauraciones emprendidas en 1957.

Ubicación: Barrio San Sebastián 7 calle sureste.