Se sabe que la construcción original era sencillamente de bahareque con techo de paja.  Fue en 1551 que se comenzó la construcción de la estructura actual de 1,230mt2, utilizando para ello cantería y ladrillo. Posee un pequeño nicho con la imagen de una Virgen y el escudo de los Mercedarios en la parte superior. Si bien la fachada es mucho más sencilla que la de la Catedral, fue de hecho la primera en recibir ese título en toda Honduras en el año 1561, y actualmente es considerada la iglesia colonial más antigua de Honduras y posiblemente de Centroamérica que haya sido construida de esa forma y aún se mantenga en pie.

Su estado de conservación es bueno y se sabe que sólo ha sufrido pequeñas modificaciones desde su construcción, como la perdida de una de las torres de campanario luego del terremoto de 1774 donde estaba colocado el reloj de la Catedral.

Ubicación: Barrio Arriba entre la 1ra calle, 1ra avenida noreste, frente a la Plaza de la Merced.